孔融回答说：“可与他适道，但不能与他共权变。”
郗虑反驳：“孔融曾经治理北海国，政事松散，人民流散，他的权变在哪里啊！”
郗虑和孔融之间的关系变得十分紧张。
建安十三年（208年），曹操准备对孔融下死手了。
他指使大臣路粹罗织孔融的罪名，加上郗虑诬陷所奏，足可以将孔融置于死地。
路粹数奏孔融罪状：“少府孔融，此前在北海国相任上，见汉室不宁，召集徒众，图谋不轨。
孔融常自称：‘我是圣人后裔，祖上在春秋时灭于宋国。
享有天下者，为何一定是卯金刀？
’孔融曾经与孙权的使者交谈，言论肆意诽谤朝廷。
而且孔融身为朝廷九卿，不遵守朝廷礼仪，秃巾私行，冒犯宫廷禁忌。
孔融曾经与白衣祢衡私下交谈，言辞放肆，说什么：‘父亲对于儿子，有什么亲不亲？
讨论本意，不过就是父亲泄欲的结果罢了。
儿子对于母亲，又有什么亲的呢？
就如同寄物缶中，出则离矣。
’孔融与祢衡相互吹捧，祢衡称孔融‘仲尼不死’，孔融称祢衡‘颜回复生’。
真可谓大逆不道，应该处以极刑……”曹操对除掉政敌孔融，是经过深思熟虑的。
他早就研究透孔融最看重孝行，以孝闻名：孔融在任北海相时，在路上看见一个人在坟墓边哭亡父，孔融觉得他是假哭，因为他的脸色看不出憔悴。
孔融就以“哀而不实”为由杀了此人；孔融曾遇到一个盗贼偷了邻家熟麦，被邻居告发。
孔融听说此人是因自己老母病愈后想吃新麦，才这样做的。
孔融不但没有罚他，反而认为他“勤养于母”，赏赐了这个盗贼。
《御览》二百六十二引《秦子》：“孔文举为北海相，有遭父丧，哭泣墓侧、色无憔悴，文举杀之。
有母病差，思食新麦，家无，乃盗邻人熟麦而进之，文举闻，特赏之。
盗而不罪者，以为勤养於母也；哭而见杀者，以为哀而不实也。”
曹操明白要想彻底除掉孔融，消除他的影响力，仅仅要了他的性命是远远不够的，而曹操自己又是个专权人物，自然不能拿“忠君”来说事，那就只能用“大不孝”来对孔融治罪。
只有拿出证据证明孔融不孝，才能将孔融消除净尽。
于是就出现路粹对孔融奏疏的罪状，用笔墨最多的就是他不孝的方面。
9月26日，孔融被曹操下令处死。
孔融被杀后，整个许县没有一个人敢为他收尸。
之前，有个叫脂习的京兆人，曾任太医令，常跟随汉献帝刘协车驾。
他曾多次劝说孔融让他改掉嘴炮的恶习，孔融根本不听。
脂习得知孔融被杀后，跑上前，抚尸痛哭说：“文举，卿舍我死，我当复与谁语者？”
哀叹不止，他因此还差点被曹操杀掉。