一些奸民污吏，胡乱扰乱朝市，他却无力管制。
他以为凭借自己的才华和威望，就能够用言辞感化他们，却忽略了人性的复杂与贪婪。
这使得北海的治安日益恶化，当地百姓的生活处于水深火热之中。
当幽州精兵叛乱时，孔融采取劝慰的做法，治标不治本。
他与别校密谋，趁夜偷袭击败幽州军，但这种短视的行为，只能做到暂时的胜利，并不能为北海带来长久的安宁实际上杨彪忠首，竭诚卫护献帝，说他要废汉献帝，谁也不会相信。
这事被孔融知道了，他慌的连朝服也没来得及穿，就一路狂奔到曹操那里，斥责并威胁曹操，要曹操放了杨彪。。当时有个叫郗虑（(Chī lǜ）的山阳人揣摩到曹操的这种心思，就以蔑视国法为由奏免孔融。
“山阳郗虑承望风旨，以微法奏免融官。
因显明仇怨，操故书激厉融......融报曰......” 《后汉书·卷七十·郑孔荀列传第六十》二、面对死亡的临近，孔融的幼子又说了什么呢？
孔融被杀后，曹操下令对他斩草除根。
官兵们手持大刀，凶神恶煞地冲进孔家院内。
此时，孔融的两个儿子，大的9岁，小的8岁，他们正在认真地下棋。
面对官兵的到来，他们丝毫没有惊慌。
官兵对他们两个说：“汝父己死，你们也来受死吧。”
说着将刀架在他们的脖子上，他们的神色依旧镇定自若。
所有人都对这两个小孩哥的表现所震惊，有人忍不住问道：“你们就真的不怕死吗？”
其中一个小孩哥开口说：“覆巢之下，复有完卵乎？”
此言一出，周围一片感叹！
《后汉书·卷七十·孔融传》：“二子方弈棋，融被收而不动。
左右曰：‘父执而不起，何也？
’答曰：‘安有巢毁而卵不破乎！
’”《世说新语·言语》：“孔融被收，中外惶怖。
时融儿大者九岁，小者八岁，二儿故琢钉戏，了无遽容。
融谓使者曰：‘冀罪止于身，二儿可得全不？
’儿徐进曰：‘大人，岂见覆巢之下，复有完卵乎？
’寻亦收至。”
最终孔融的这两个小儿也被斩杀。
总结：孔融的被杀主要因为孔融与曹操的政治立场和利益冲突，孔融作为大喷子，提携拉拢团体，公开和曹操叫嚣，对曹魏政权的稳定造成威胁和不好的影响。
孔融太狂傲自是，所到之处就不停地刷存在感，他频繁反对曹操的政策，如反对禁酒令和改革措施，反对加礼，反对肉刑，反对征讨乌桓等等，一次次挑战曹操的权威，孔融还在政治上和道德上公开批评曹操，影响了曹操对士族豪门的控制和后方的稳定，挑战到曹操的极限。
最终逼得曹操以“大不孝”的罪名处死了孔融。
孔融之死，死不足惜，可惜的是连累了他的两个聪明勇敢的儿子。
孔融的人生真的应了那句，“小时了了，